Lavorando alla dinamica in coordinate naturali (distanze di legame, angoli di legame, angoli diedri) è stata definita in maniera rigorosa e generale la trasformazione tra le velocità generalizzate associate a tali coordinate e le velocità Cartesiane degli atomi. Questo a una nuova versione del programma di calcolo del tensore di diffusione, che è stato completamente riscritto e presentato in questo articolo: https://doi.org/10.1002/jcc.25742.
In DiTe2 non solo è possibile calcolare i tensori di attrito e diffusione lungo le coordinate naturali, ma anche lungo coordinate generalizzate definite come combinazioni lineari delle coordinate naturali. Un esempio è il calcolo dell’attrito lungo le coordinate che si ottengono da un’analisi PCA di una traiettoria di dinamica molecolare.
DiTe2 è distribuito gratuitamente sotto la licenza GPL v2.0. Se vengono pubblicati risultati in cui si è fatto uso del software, si prega di citare l’articolo:
Campeggio, J.; Polimeno, A.; Zerbetto, M. DiTe2: Calculating the Diffusion Tensor for Flexible Molecules. J. Comput. Chem. 2019, 40 (4), 697–705.